57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0316 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  100 
 
 		 91 aa  177  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  77.5 
 
 		 93 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  76.25 
 
 		 89 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  75.95 
 
 		 93 aa  122  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  74.68 
 
 		 93 aa  121  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  71.6 
 
 		 93 aa  120  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  71.6 
 
 		 93 aa  120  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  71.6 
 
 		 93 aa  120  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  70.37 
 
 		 93 aa  120  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  72.84 
 
 		 93 aa  118  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  69.14 
 
 		 93 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  69.14 
 
 		 93 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  64.77 
 
 		 93 aa  117  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  69.14 
 
 		 97 aa  117  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  65.93 
 
 		 90 aa  116  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  64.84 
 
 		 90 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  71.6 
 
 		 93 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  63.74 
 
 		 90 aa  115  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  67.5 
 
 		 87 aa  115  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  63.74 
 
 		 90 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  65.43 
 
 		 93 aa  113  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  66.67 
 
 		 93 aa  112  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  67.06 
 
 		 88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  67.9 
 
 		 91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  69.14 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  64.77 
 
 		 93 aa  110  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  64.29 
 
 		 89 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  60 
 
 		 91 aa  107  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  57.47 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60 
 
 		 94 aa  103  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  62.65 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  63.75 
 
 		 88 aa  102  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  58.89 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.98 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.03 
 
 		 94 aa  101  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  58.43 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  61.73 
 
 		 89 aa  100  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  59.76 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  57.14 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.73 
 
 		 89 aa  100  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.62 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  58.62 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  56.18 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.49 
 
 		 94 aa  98.6  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  57.47 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.3 
 
 		 94 aa  97.4  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.49 
 
 		 87 aa  96.7  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  56.18 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  57.5 
 
 		 88 aa  92.8  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  75.31 
 
 		 87 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  77.5 
 
 		 89 aa  87.8  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.24 
 
 		 84 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  49.4 
 
 		 83 aa  64.7  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  46.84 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  42.17 
 
 		 87 aa  62  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  35.44 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  36.36 
 
 		 107 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>