58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3002 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  100 
 
 		 90 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  88.89 
 
 		 90 aa  159  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  82.8 
 
 		 93 aa  147  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  85.88 
 
 		 93 aa  146  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  87.06 
 
 		 93 aa  146  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  87.06 
 
 		 93 aa  146  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  81.11 
 
 		 90 aa  142  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  82.35 
 
 		 93 aa  141  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  78.82 
 
 		 97 aa  141  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  78.82 
 
 		 93 aa  140  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  77.01 
 
 		 93 aa  140  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  83.33 
 
 		 90 aa  139  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  76.47 
 
 		 93 aa  139  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  80.43 
 
 		 93 aa  138  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  78.26 
 
 		 166 aa  138  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  78.49 
 
 		 93 aa  137  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  82.35 
 
 		 93 aa  135  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  76.4 
 
 		 93 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  74.16 
 
 		 93 aa  127  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  74.7 
 
 		 88 aa  127  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  70.33 
 
 		 91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  72.84 
 
 		 89 aa  124  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  69.66 
 
 		 91 aa  121  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  66.67 
 
 		 87 aa  120  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  69.66 
 
 		 93 aa  120  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  71.6 
 
 		 89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  64.84 
 
 		 93 aa  118  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  63.74 
 
 		 91 aa  114  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  65.88 
 
 		 88 aa  110  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  60 
 
 		 88 aa  103  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  58.02 
 
 		 89 aa  103  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  69.74 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  56.63 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.49 
 
 		 89 aa  100  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  57.47 
 
 		 87 aa  100  9e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.26 
 
 		 94 aa  97.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  58.67 
 
 		 94 aa  97.4  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  52.22 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  73.56 
 
 		 87 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.46 
 
 		 94 aa  96.3  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.46 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  58.11 
 
 		 94 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  55.42 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  55.42 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  59.46 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  58.11 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.11 
 
 		 94 aa  94.4  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  54.22 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  56.76 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  56.76 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  67.05 
 
 		 89 aa  85.9  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.24 
 
 		 88 aa  76.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  49.35 
 
 		 84 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  44.94 
 
 		 87 aa  68.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  43.75 
 
 		 83 aa  59.7  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  42.17 
 
 		 83 aa  59.7  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  39.74 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  34.57 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>