57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3998 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  100 
 
 		 90 aa  169  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  86.67 
 
 		 90 aa  150  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  86.75 
 
 		 90 aa  142  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  80.46 
 
 		 97 aa  140  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  81.4 
 
 		 93 aa  140  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  83.33 
 
 		 90 aa  139  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  78.65 
 
 		 93 aa  137  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  84.34 
 
 		 93 aa  137  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  80.46 
 
 		 93 aa  137  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  80.46 
 
 		 93 aa  137  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  79.31 
 
 		 93 aa  136  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  85.54 
 
 		 93 aa  135  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  84.34 
 
 		 93 aa  135  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  83.13 
 
 		 93 aa  135  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  82.14 
 
 		 93 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  79.31 
 
 		 166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  78.16 
 
 		 93 aa  132  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  79.52 
 
 		 93 aa  131  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  69.41 
 
 		 87 aa  123  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  74.7 
 
 		 93 aa  122  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  73.49 
 
 		 89 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  73.49 
 
 		 91 aa  121  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  74.39 
 
 		 88 aa  120  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  71.79 
 
 		 89 aa  118  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  65.93 
 
 		 91 aa  116  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  69.14 
 
 		 93 aa  116  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  66.27 
 
 		 93 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  67.06 
 
 		 91 aa  111  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  65.38 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  63.33 
 
 		 88 aa  104  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  79.52 
 
 		 87 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.85 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.24 
 
 		 87 aa  100  9e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.04 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  60.26 
 
 		 89 aa  97.4  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  59.26 
 
 		 94 aa  97.1  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.54 
 
 		 94 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.53 
 
 		 89 aa  95.9  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.26 
 
 		 94 aa  95.9  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  54.44 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  60.81 
 
 		 94 aa  94.4  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  62.16 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.02 
 
 		 94 aa  93.6  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  60.81 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.81 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.46 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.46 
 
 		 90 aa  87  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  67.9 
 
 		 89 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.37 
 
 		 88 aa  77.4  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  50 
 
 		 84 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  45 
 
 		 87 aa  71.6  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  46.99 
 
 		 83 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  48.75 
 
 		 83 aa  67.4  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  37.97 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>