62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1837 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  100 
 
 		 87 aa  171  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  73.49 
 
 		 94 aa  127  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.28 
 
 		 89 aa  120  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  67.47 
 
 		 89 aa  118  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.85 
 
 		 90 aa  117  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.43 
 
 		 90 aa  116  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  69.88 
 
 		 93 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  59.77 
 
 		 87 aa  116  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  64.71 
 
 		 94 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.85 
 
 		 94 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  64.63 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.9 
 
 		 94 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  65.43 
 
 		 94 aa  114  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  64.63 
 
 		 90 aa  114  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  66.28 
 
 		 166 aa  114  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.65 
 
 		 90 aa  114  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.41 
 
 		 94 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.43 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  65.43 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.43 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.2 
 
 		 90 aa  111  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  66.27 
 
 		 93 aa  110  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.2 
 
 		 90 aa  110  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  63.86 
 
 		 97 aa  108  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  62.35 
 
 		 93 aa  107  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  67.47 
 
 		 93 aa  107  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  63.95 
 
 		 93 aa  107  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  61.73 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  62.65 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  63.86 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  62.79 
 
 		 93 aa  104  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  61.73 
 
 		 89 aa  104  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  64.2 
 
 		 88 aa  103  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  66.67 
 
 		 88 aa  103  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  58.14 
 
 		 90 aa  102  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  60.24 
 
 		 93 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  62.96 
 
 		 93 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  59.04 
 
 		 93 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  55.17 
 
 		 91 aa  100  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  64.47 
 
 		 89 aa  100  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  58.14 
 
 		 93 aa  100  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  58.33 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  57.47 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  60.24 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  57.83 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  60.24 
 
 		 93 aa  97.8  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  60.24 
 
 		 93 aa  97.8  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  60.49 
 
 		 91 aa  96.7  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  58.9 
 
 		 88 aa  90.1  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.06 
 
 		 88 aa  87.8  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  61.45 
 
 		 89 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.88 
 
 		 84 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  64.37 
 
 		 87 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  45.35 
 
 		 87 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  48.1 
 
 		 83 aa  65.9  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.12 
 
 		 83 aa  64.3  0.0000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  41.03 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  36.84 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  32.05 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  34.21 
 
 		 99 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  35.14 
 
 		 99 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6304  hypothetical protein  41.54 
 
 		 109 aa  41.2  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>