57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3543 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  100 
 
 
93 aa  177  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  100 
 
 
93 aa  177  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  88.17 
 
 
93 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  86.02 
 
 
93 aa  159  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  86.67 
 
 
97 aa  155  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  84.95 
 
 
93 aa  156  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  80.65 
 
 
93 aa  153  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  82.8 
 
 
93 aa  154  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  83.87 
 
 
93 aa  151  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  86.36 
 
 
90 aa  150  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  87.06 
 
 
90 aa  146  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  78.26 
 
 
93 aa  140  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  77.17 
 
 
93 aa  140  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  76.34 
 
 
93 aa  139  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  80.46 
 
 
90 aa  137  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  83.13 
 
 
90 aa  136  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  76.34 
 
 
166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  74.19 
 
 
93 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  74.73 
 
 
93 aa  128  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  73.56 
 
 
89 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  71.76 
 
 
88 aa  124  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  74.7 
 
 
91 aa  123  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  68.54 
 
 
93 aa  123  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  73.49 
 
 
91 aa  122  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  68.67 
 
 
87 aa  121  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  67.86 
 
 
89 aa  120  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  71.6 
 
 
91 aa  120  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  65.12 
 
 
93 aa  114  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  65 
 
 
88 aa  107  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  78.82 
 
 
87 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  62.5 
 
 
88 aa  101  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.26 
 
 
90 aa  101  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  68.42 
 
 
94 aa  101  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  60.26 
 
 
89 aa  100  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  57.47 
 
 
94 aa  99  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.84 
 
 
89 aa  98.2  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.62 
 
 
94 aa  98.6  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.24 
 
 
87 aa  97.8  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.02 
 
 
90 aa  97.4  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  57.47 
 
 
94 aa  97.1  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 
90 aa  97.1  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 
94 aa  96.7  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.81 
 
 
94 aa  95.5  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  60.81 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  62.16 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  62.16 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.81 
 
 
90 aa  94  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.46 
 
 
90 aa  92.8  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.46 
 
 
90 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  71.08 
 
 
89 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  48.19 
 
 
83 aa  67.4  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  46.75 
 
 
84 aa  67  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  40.24 
 
 
88 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  46.25 
 
 
83 aa  63.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  41.25 
 
 
87 aa  62  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  33.33 
 
 
107 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>