29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5378 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5378  conjugal transfer protein TrbD  100 
 
 		 98 aa  196  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.832169  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5484  conjugal transfer protein TrbD  78.95 
 
 		 99 aa  156  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  78.26 
 
 		 99 aa  149  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  76.92 
 
 		 99 aa  148  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  76.09 
 
 		 99 aa  146  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  72.53 
 
 		 99 aa  136  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6504  conjugal transfer protein TrbD  51.76 
 
 		 103 aa  94.4  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136548  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6633  conjugal transfer protein TrbD  51.76 
 
 		 103 aa  94.4  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000138876  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4272  conjugal transfer protein TrbD  51.76 
 
 		 103 aa  94.4  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2227  conjugal transfer protein TrbD  43.68 
 
 		 106 aa  82.4  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00500311  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0049  conjugal transfer protein TrbD  45.88 
 
 		 104 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.635043  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1618  Conjugal transfer TrbD family protein  33.33 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  32.53 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  39.47 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  39.47 
 
 		 89 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  38.16 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  38.16 
 
 		 94 aa  43.5  0.0009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  38.16 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  38.16 
 
 		 89 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  38.96 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  39.44 
 
 		 88 aa  41.6  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  36.84 
 
 		 90 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  39.19 
 
 		 90 aa  41.6  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  37.33 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  36.84 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  36.84 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  36.84 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  36.84 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  35.53 
 
 		 94 aa  40.4  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>