28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9267 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  100 
 
 		 99 aa  195  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  84.85 
 
 		 99 aa  174  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  78.79 
 
 		 99 aa  161  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5484  conjugal transfer protein TrbD  72.73 
 
 		 99 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5378  conjugal transfer protein TrbD  76.09 
 
 		 98 aa  146  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.832169  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  72.45 
 
 		 99 aa  141  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2227  conjugal transfer protein TrbD  50 
 
 		 106 aa  92.4  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00500311  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6504  conjugal transfer protein TrbD  52.94 
 
 		 103 aa  90.5  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136548  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6633  conjugal transfer protein TrbD  52.94 
 
 		 103 aa  90.5  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000138876  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4272  conjugal transfer protein TrbD  52.94 
 
 		 103 aa  90.5  8e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0049  conjugal transfer protein TrbD  44.71 
 
 		 104 aa  80.9  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.635043  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  35 
 
 		 107 aa  68.6  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1618  Conjugal transfer TrbD family protein  33.72 
 
 		 98 aa  58.2  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  39.24 
 
 		 93 aa  44.3  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  38.03 
 
 		 166 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  34.21 
 
 		 87 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  37.97 
 
 		 89 aa  42  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  39.44 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  30.26 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  28.95 
 
 		 90 aa  41.6  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  30.26 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  39.44 
 
 		 93 aa  40.4  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  33.33 
 
 		 94 aa  40.4  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  39.44 
 
 		 93 aa  40.8  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  28.95 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  38.03 
 
 		 88 aa  40  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  28.95 
 
 		 89 aa  40  0.01  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  30.26 
 
 		 90 aa  40  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>