More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3742 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009427  Saro_3742  transketolase domain-containing protein  100 
 
 		 327 aa  659    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0349  transketolase, central region  47.83 
 
 		 330 aa  287  2e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0164413  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  43.75 
 
 		 328 aa  255  9e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  44.06 
 
 		 328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  44.65 
 
 		 328 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  42.54 
 
 		 327 aa  252  5.000000000000001e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  42.54 
 
 		 327 aa  252  5.000000000000001e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.91 
 
 		 468 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1035  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  44.71 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.3 
 
 		 459 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  42.45 
 
 		 324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1217  Transketolase domain protein  44.07 
 
 		 330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.73 
 
 		 461 aa  243  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.73 
 
 		 448 aa  242  6e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.89 
 
 		 465 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  42.77 
 
 		 328 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.26 
 
 		 467 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.67 
 
 		 465 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4116  transketolase central region  44.41 
 
 		 332 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.63 
 
 		 469 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  42.12 
 
 		 327 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.26 
 
 		 480 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1077  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.49 
 
 		 465 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.406758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  39.74 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.49 
 
 		 449 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.95 
 
 		 474 aa  236  6e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  40.94 
 
 		 332 aa  235  7e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  43.21 
 
 		 327 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0879  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, beta subunit  41.12 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.63 
 
 		 497 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.9 
 
 		 456 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  41.43 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.91 
 
 		 483 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2748  Transketolase domain protein  44.21 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.50651  normal  0.462707 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.9 
 
 		 465 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.51 
 
 		 460 aa  233  3e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.14 
 
 		 467 aa  233  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  44.09 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.59 
 
 		 469 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.31 
 
 		 332 aa  230  2e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.88 
 
 		 456 aa  231  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.95 
 
 		 451 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.74 
 
 		 480 aa  231  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.27 
 
 		 482 aa  230  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  39.56 
 
 		 328 aa  230  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  41.25 
 
 		 332 aa  229  4e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  41.98 
 
 		 330 aa  229  4e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.8 
 
 		 332 aa  229  7e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.68 
 
 		 463 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1629  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.12 
 
 		 466 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.407235  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.37 
 
 		 463 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4402  Transketolase central region  43.17 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.68 
 
 		 464 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.26 
 
 		 454 aa  226  3e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3208  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.69 
 
 		 469 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.410078  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4109  Transketolase central region  43.09 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.118069  normal  0.0533291 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.58 
 
 		 456 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  37.69 
 
 		 325 aa  225  8e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1518  Transketolase central region  42.51 
 
 		 339 aa  225  9e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  43.21 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  42.77 
 
 		 343 aa  225  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4082  Transketolase central region  43.67 
 
 		 335 aa  225  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.264112 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  38.26 
 
 		 325 aa  224  1e-57  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  43.52 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  42.01 
 
 		 325 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0856  putative 2-oxo acid dehydrogenase beta subunit  42.11 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.389429  normal  0.709595 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  42.01 
 
 		 325 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  43.21 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  42.01 
 
 		 325 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2229  transketolase, central region  42.46 
 
 		 335 aa  223  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3770  transketolase, central region  43.4 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.354561  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1797  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.8 
 
 		 463 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.211938  hitchhiker  0.000618352 
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.25 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  40.89 
 
 		 326 aa  223  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  40.12 
 
 		 327 aa  223  4e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1690  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.01 
 
 		 464 aa  222  4.9999999999999996e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_68238  pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit (PDH)  40.18 
 
 		 389 aa  222  6e-57  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.36203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21360  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  43.08 
 
 		 348 aa  222  8e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.578744 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  40.68 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3317  transketolase central region  42.14 
 
 		 331 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.589237 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  43.13 
 
 		 328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  42.07 
 
 		 322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3701  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  45.65 
 
 		 337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.86607 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  42.99 
 
 		 328 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  44.44 
 
 		 327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  40.38 
 
 		 327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.75 
 
 		 448 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  43.59 
 
 		 342 aa  220  3e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1604  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.68 
 
 		 461 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00806914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  39.53 
 
 		 325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3767  Transketolase domain protein  42.02 
 
 		 343 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  44.14 
 
 		 327 aa  219  6e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2759  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.81 
 
 		 454 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.884776  hitchhiker  0.000123714 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1486  dehydrogenase E1 component  46.05 
 
 		 657 aa  219  6e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.004553  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  43.95 
 
 		 331 aa  219  7e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  43.61 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0419  Transketolase central region  39.88 
 
 		 791 aa  218  2e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0246116  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  42.22 
 
 		 325 aa  218  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4271  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  40.43 
 
 		 327 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1605  Transketolase central region  41.09 
 
 		 348 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>