More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0389 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0389  short chain dehydrogenase  100 
 
 
270 aa  547  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0438  short chain dehydrogenase  71 
 
 
267 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0441  short chain dehydrogenase  70.37 
 
 
267 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3588  short chain dehydrogenase  70.37 
 
 
267 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0437  short chain dehydrogenase  70.37 
 
 
267 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4040  short chain dehydrogenase  70 
 
 
267 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3918  short chain dehydrogenase  69.63 
 
 
267 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3415  short chain dehydrogenase  71.11 
 
 
268 aa  383  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.560569  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3844  short chain dehydrogenase  70 
 
 
267 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000447473 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0416  short chain dehydrogenase  70 
 
 
267 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3404  short chain dehydrogenase  68.4 
 
 
267 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0429  short chain dehydrogenase  66.17 
 
 
267 aa  368  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0293  short chain dehydrogenase  62.96 
 
 
267 aa  350  2e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  46.18 
 
 
269 aa  236  2e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  46.62 
 
 
269 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3168  short chain dehydrogenase  44.15 
 
 
270 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.273274  normal  0.685188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
272 aa  206  4e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333155 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
269 aa  202  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
266 aa  193  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2951  short chain dehydrogenase  39.39 
 
 
276 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1414  short chain dehydrogenase  38.72 
 
 
270 aa  185  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_16295  predicted protein  41.88 
 
 
237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0303319  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
277 aa  166  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000182624  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
266 aa  159  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3735  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 
281 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12680  short chain dehydrogenase  34.85 
 
 
278 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
263 aa  143  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
263 aa  138  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.196422  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 
262 aa  133  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
239 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
239 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
239 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
239 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.54 
 
 
257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_36881  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.96 
 
 
308 aa  129  6e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.804236  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 
264 aa  129  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.15 
 
 
239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.89 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  29.89 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.89 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.89 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.89 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.16 
 
 
238 aa  126  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.15 
 
 
264 aa  125  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.95 
 
 
264 aa  125  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.95 
 
 
264 aa  125  9e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.52 
 
 
264 aa  125  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
274 aa  123  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.06 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.81 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.756544 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.08 
 
 
238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
262 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
272 aa  118  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 
281 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
258 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 
255 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.746696  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.08 
 
 
260 aa  117  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 
246 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.772329 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 
246 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  0.189586 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.67 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.67 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
259 aa  117  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.996462  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.2 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
355 aa  116  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.9 
 
 
258 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
249 aa  116  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.62 
 
 
264 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.79 
 
 
265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
241 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.116852  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000709968  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
332 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  34.92 
 
 
263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1011  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.968961  hitchhiker  0.00922057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.82 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
258 aa  113  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.859893  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
274 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
263 aa  113  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
258 aa  113  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
246 aa  113  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.603966 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5573  short chain dehydrogenase  34.85 
 
 
259 aa  113  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.590665  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
231 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
336 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
272 aa  112  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.25903 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
253 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1235  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 
259 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.183265  normal  0.0279411 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3621  short-chain dehydrogenase  33.82 
 
 
258 aa  112  8.000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
244 aa  112  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123251 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  30.59 
 
 
258 aa  112  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1043  acetoacetyl-CoA reductase  35.68 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.8589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>