More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1804 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1804  peptide ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 343 aa  687    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.34 
 
 		 343 aa  639    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00934567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.17 
 
 		 343 aa  634    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.526476  normal  0.0743978 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.34 
 
 		 343 aa  639    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.679395 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.55 
 
 		 343 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.55 
 
 		 343 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.521274 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.55 
 
 		 343 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.79718  normal  0.337893 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.55 
 
 		 343 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.31909  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.09 
 
 		 343 aa  588  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.38 
 
 		 343 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.419421  hitchhiker  0.0000256844 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1234  peptide ABC transporter, permease protein  78.53 
 
 		 343 aa  511  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.18 
 
 		 343 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405821 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.68 
 
 		 343 aa  497  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.887279  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.51 
 
 		 343 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.098131 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.14 
 
 		 343 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 		 343 aa  451  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000884166  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3776  peptide ABC transporter, permease protein  42.98 
 
 		 342 aa  290  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.119537  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  39.58 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  39.58 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  38.69 
 
 		 336 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  39.58 
 
 		 336 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  39.58 
 
 		 336 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  37.8 
 
 		 334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 		 336 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 		 343 aa  253  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  38.69 
 
 		 336 aa  252  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0840  alkaline phosphatase  41.67 
 
 		 336 aa  252  7e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  39.58 
 
 		 336 aa  252  7e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  37.8 
 
 		 336 aa  249  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.99 
 
 		 336 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  39.29 
 
 		 336 aa  249  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.39 
 
 		 336 aa  249  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.69 
 
 		 336 aa  249  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  38.42 
 
 		 336 aa  248  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 		 334 aa  246  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  38.99 
 
 		 336 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12510  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  41.67 
 
 		 336 aa  245  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0113626  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 		 336 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 		 336 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  37.2 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  37.2 
 
 		 336 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.39 
 
 		 336 aa  243  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  37.2 
 
 		 336 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  37.5 
 
 		 336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 		 321 aa  241  9e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.359002 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 		 336 aa  242  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 		 334 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  36.8 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.1 
 
 		 336 aa  240  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  239  5.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  239  5.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1829  peptide ABC transporter, permease protein SapB  43.02 
 
 		 321 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908209 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01270  predicted antimicrobial peptide transporter subunit  43.02 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.863353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1407  peptide ABC transporter, permease protein SapB  43.02 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.40561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1934  peptide ABC transporter, permease protein SapB  43.02 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0764041 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1529  peptide ABC transporter, permease protein SapB  43.02 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.453329  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1500  peptide ABC transporter, permease protein SapB  43.02 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01281  hypothetical protein  43.02 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.875728  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 		 321 aa  238  8e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.522006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 		 334 aa  236  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  235  8e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.34 
 
 		 333 aa  235  9e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  38.05 
 
 		 351 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02836  peptide transport protein (ABC superfamily, membrane)  38.96 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.996843  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  35.71 
 
 		 335 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  37.17 
 
 		 339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3302  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3377  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2970  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2120  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192679  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.28 
 
 		 336 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  38.28 
 
 		 336 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  37.98 
 
 		 336 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  37.17 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2541  peptide transport system permease  42.12 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514778  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1783  peptide ABC transporter, permease protein SapB  42.12 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  35.71 
 
 		 334 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  36.28 
 
 		 339 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  36.28 
 
 		 339 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  36.28 
 
 		 339 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  36.28 
 
 		 339 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  36.28 
 
 		 339 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.91 
 
 		 335 aa  226  6e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  35.99 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  35.99 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  35.99 
 
 		 381 aa  224  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  35.99 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2343  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  35.99 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  35.99 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  35.99 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  35.99 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  35.99 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>