More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2343 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2343  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 321 aa  640    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.44 
 
 		 321 aa  635    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2541  peptide transport system permease  78.5 
 
 		 321 aa  522  1e-147  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1783  peptide ABC transporter, permease protein SapB  78.5 
 
 		 321 aa  522  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.5 
 
 		 321 aa  522  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514778  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.67 
 
 		 321 aa  509  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.57 
 
 		 321 aa  508  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.359002 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.14 
 
 		 321 aa  493  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.773427  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01270  predicted antimicrobial peptide transporter subunit  73.52 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.52 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.863353  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1934  peptide ABC transporter, permease protein SapB  73.52 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0764041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1829  peptide ABC transporter, permease protein SapB  73.21 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908209 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.52 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.522006 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1500  peptide ABC transporter, permease protein SapB  73.52 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1529  peptide ABC transporter, permease protein SapB  73.52 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.453329  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1407  peptide ABC transporter, permease protein SapB  73.52 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.40561  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01281  hypothetical protein  73.52 
 
 		 321 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.875728  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.9 
 
 		 321 aa  456  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1879  peptide ABC transporter permease SapB  73.33 
 
 		 321 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0672525  hitchhiker  0.00363976 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1817  peptide ABC transporter permease protein SapB  73.33 
 
 		 321 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000118428 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1639  peptide ABC transporter permease SapB  73.33 
 
 		 321 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000008578 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1818  peptide transport system permease SapB  73 
 
 		 321 aa  444  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.350212  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1457  peptide ABC transporter, permease protein SapB  73.33 
 
 		 321 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.74362  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1286  peptide ABC transporter, permease protein  51.4 
 
 		 320 aa  342  2.9999999999999997e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003817  peptide transport system permease protein SapB  51.41 
 
 		 320 aa  334  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01869  hypothetical protein  51.1 
 
 		 320 aa  333  3e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0478  peptide transport system permease protein SapB  51.4 
 
 		 320 aa  325  4.0000000000000003e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3776  peptide ABC transporter, permease protein  44.61 
 
 		 342 aa  265  5.999999999999999e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.119537  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0593  peptide ABC transporter, permease  38.01 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.419421  hitchhiker  0.0000256844 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 		 343 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  38.64 
 
 		 336 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 		 343 aa  229  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405821 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 		 343 aa  229  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.887279  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.46 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  37.24 
 
 		 336 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2193  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  39.01 
 
 		 322 aa  222  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 		 336 aa  222  6e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  37.76 
 
 		 336 aa  222  7e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 		 343 aa  222  8e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.526476  normal  0.0743978 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02836  peptide transport protein (ABC superfamily, membrane)  38.77 
 
 		 331 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.996843  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 		 343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000884166  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00934567 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.679395 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 		 343 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 		 335 aa  219  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1804  peptide ABC transporter, permease protein  40.66 
 
 		 343 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  37.39 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 		 336 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 		 343 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 		 343 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.521274 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 		 343 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.31909  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 		 343 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.79718  normal  0.337893 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 		 343 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  36.28 
 
 		 336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  36.09 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.39 
 
 		 335 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  35.91 
 
 		 334 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 		 335 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.99 
 
 		 336 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12510  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  38.64 
 
 		 336 aa  208  8e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0113626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  36.58 
 
 		 336 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  36.58 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  36.58 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  35.69 
 
 		 337 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  36.58 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 		 334 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  36.18 
 
 		 336 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.99 
 
 		 336 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  35.1 
 
 		 336 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.4 
 
 		 336 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  36.18 
 
 		 336 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  35.4 
 
 		 336 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  35.4 
 
 		 336 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1234  peptide ABC transporter, permease protein  40.86 
 
 		 343 aa  206  4e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0840  alkaline phosphatase  35.99 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  35.4 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 		 334 aa  206  6e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 		 336 aa  206  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  34.62 
 
 		 335 aa  205  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.02 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  35.4 
 
 		 336 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.02 
 
 		 335 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.29 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 		 343 aa  202  8e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.098131 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  35.09 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  33.43 
 
 		 339 aa  199  6e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  35.17 
 
 		 339 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  35.09 
 
 		 339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  34.5 
 
 		 339 aa  195  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  34.5 
 
 		 339 aa  195  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  33.72 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  33.72 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  33.14 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  33.72 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  33.72 
 
 		 339 aa  192  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>