48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1229 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1229  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 		 359 aa  734    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1113  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  87.32 
 
 		 355 aa  636    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1048  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  86.48 
 
 		 355 aa  630  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1052  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  87.04 
 
 		 355 aa  614  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.61821 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  78.77 
 
 		 363 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  78.21 
 
 		 363 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3355  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  77.35 
 
 		 364 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1151  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  78.43 
 
 		 359 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.451598 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2802  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  61.05 
 
 		 387 aa  411  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470067 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3366  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  56.91 
 
 		 375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3346  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  56.86 
 
 		 354 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0979105  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3533  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  57.39 
 
 		 352 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.292009 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1991  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  57.88 
 
 		 357 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0984  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  57.19 
 
 		 345 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2132  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.38 
 
 		 331 aa  199  5e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0125  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.86 
 
 		 356 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2440  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.11 
 
 		 353 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0649  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.48 
 
 		 330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000318  periplasmic protein TorT precursor  35.58 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.393901  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1827  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.22 
 
 		 356 aa  180  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3243  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.26 
 
 		 356 aa  179  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3254  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.36 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00636832  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2648  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.23 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.058876  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2601  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.23 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.429826 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1105  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.23 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00997  periplasmic sensory protein associated with the TorRS two-component regulatory system  34.23 
 
 		 342 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01004  hypothetical protein  34.23 
 
 		 342 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1231  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.77 
 
 		 342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2129  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.44 
 
 		 342 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1112  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.89 
 
 		 342 aa  172  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00670153  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2050  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 357 aa  170  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285756  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2281  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.33 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4108  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.78 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4157  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.78 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4053  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.44 
 
 		 346 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4036  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.44 
 
 		 346 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06120  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.68 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4215  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.44 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2211  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  25.17 
 
 		 379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0668352  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3816  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.63 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0443  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.28 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3890  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.79 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0421  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  25.82 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.553546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4012  hypothetical protein  54.9 
 
 		 109 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.54 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1721  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.29 
 
 		 329 aa  43.9  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.525383  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.34 
 
 		 337 aa  43.1  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.63 
 
 		 330 aa  43.1  0.008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>