158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0125 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0125  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 
356 aa  717    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2440  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  65.9 
 
 
353 aa  481  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3254  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  61.27 
 
 
356 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00636832  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2211  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  46.48 
 
 
379 aa  301  8.000000000000001e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0668352  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3243  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.88 
 
 
356 aa  285  9e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2050  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.16 
 
 
357 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285756  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2132  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  38.46 
 
 
331 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3890  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.23 
 
 
360 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0649  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.95 
 
 
330 aa  209  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3816  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.07 
 
 
360 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1827  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.88 
 
 
356 aa  209  7e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0443  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  38.05 
 
 
360 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.14 
 
 
363 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1151  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.93 
 
 
359 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.451598 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3346  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.16 
 
 
354 aa  196  7e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0979105  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2129  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.76 
 
 
342 aa  196  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1231  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.42 
 
 
342 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3355  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.63 
 
 
364 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000318  periplasmic protein TorT precursor  34.77 
 
 
334 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.393901  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2648  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.27 
 
 
342 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.058876  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1229  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.86 
 
 
359 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1105  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.27 
 
 
342 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2601  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.27 
 
 
342 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.429826 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00997  periplasmic sensory protein associated with the TorRS two-component regulatory system  36.27 
 
 
342 aa  194  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01004  hypothetical protein  36.27 
 
 
342 aa  194  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1112  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.27 
 
 
342 aa  194  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00670153  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.34 
 
 
363 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1113  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.14 
 
 
355 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1991  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.59 
 
 
357 aa  187  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1052  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.47 
 
 
355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.61821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1048  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.94 
 
 
355 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0421  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.1 
 
 
361 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.553546  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4108  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4157  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4215  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 
346 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4053  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 
346 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4036  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 
346 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3533  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.65 
 
 
352 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.292009 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2802  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.89 
 
 
387 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00470067 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3366  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.05 
 
 
375 aa  177  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0984  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.09 
 
 
345 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2281  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.94 
 
 
321 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06120  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.27 
 
 
283 aa  153  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4013  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.8 
 
 
199 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  25.81 
 
 
315 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  24.62 
 
 
294 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
292 aa  69.7  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  23.86 
 
 
292 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4012  hypothetical protein  40 
 
 
109 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.24 
 
 
294 aa  67.4  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  24.73 
 
 
295 aa  67  0.0000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  22.93 
 
 
292 aa  64.7  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.48 
 
 
350 aa  63.9  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  23.05 
 
 
307 aa  63.5  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  22.34 
 
 
292 aa  63.5  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1853  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.6 
 
 
339 aa  62.4  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.86 
 
 
316 aa  62  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.03 
 
 
329 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00856305  normal  0.0288368 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.84 
 
 
320 aa  60.5  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  26.37 
 
 
329 aa  60.1  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  24.06 
 
 
296 aa  59.7  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  23.77 
 
 
296 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  23.77 
 
 
296 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
294 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
294 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
296 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
296 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
296 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.95 
 
 
315 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  23.77 
 
 
296 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.69 
 
 
321 aa  57.8  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  23.77 
 
 
296 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
371 aa  56.2  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.7 
 
 
337 aa  56.2  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.64 
 
 
328 aa  54.7  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  22.99 
 
 
289 aa  55.1  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  24.61 
 
 
368 aa  54.3  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3448  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.09 
 
 
326 aa  54.7  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2239  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.19 
 
 
343 aa  53.9  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  24.81 
 
 
307 aa  53.5  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.57 
 
 
320 aa  53.5  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
313 aa  52.4  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  21.76 
 
 
296 aa  52.4  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  22.66 
 
 
299 aa  52.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  22.14 
 
 
295 aa  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.83 
 
 
337 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.59 
 
 
323 aa  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  22.46 
 
 
296 aa  51.6  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  22.14 
 
 
295 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.59 
 
 
323 aa  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.96 
 
 
308 aa  50.8  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1600  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.64 
 
 
342 aa  50.1  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
333 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.67 
 
 
330 aa  49.7  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3705  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.12 
 
 
320 aa  49.7  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  22.65 
 
 
322 aa  49.3  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>