113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C4157 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4108  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 
346 aa  715    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4157  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 
346 aa  715    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4036  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  99.42 
 
 
346 aa  712    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4053  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  98.84 
 
 
346 aa  710    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4215  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  98.84 
 
 
346 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1112  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  68.81 
 
 
342 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00670153  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00997  periplasmic sensory protein associated with the TorRS two-component regulatory system  68.5 
 
 
342 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2648  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  68.5 
 
 
342 aa  455  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.058876  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1105  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  68.5 
 
 
342 aa  455  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2601  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  68.5 
 
 
342 aa  455  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.429826 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2129  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  68.81 
 
 
342 aa  455  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1231  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  68.5 
 
 
342 aa  454  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01004  hypothetical protein  68.5 
 
 
342 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0649  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  40.6 
 
 
330 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000318  periplasmic protein TorT precursor  41.95 
 
 
334 aa  225  9e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.393901  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2132  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.66 
 
 
331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1827  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.43 
 
 
356 aa  209  5e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3243  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.79 
 
 
356 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2440  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36 
 
 
353 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3254  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.78 
 
 
356 aa  202  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00636832  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0125  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 
356 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06120  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.78 
 
 
283 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1151  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.55 
 
 
359 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.451598 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36 
 
 
363 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2802  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 
387 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00470067 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1991  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.68 
 
 
357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3355  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.22 
 
 
364 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3533  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.81 
 
 
352 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.292009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0984  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.36 
 
 
345 aa  179  7e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.22 
 
 
363 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2050  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.25 
 
 
357 aa  175  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285756  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3346  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.46 
 
 
354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0979105  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1048  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.64 
 
 
355 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3366  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.08 
 
 
375 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1052  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.23 
 
 
355 aa  170  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.61821 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1229  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34 
 
 
359 aa  169  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1113  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.23 
 
 
355 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2281  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.83 
 
 
321 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2211  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33 
 
 
379 aa  153  4e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0668352  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3890  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  27.03 
 
 
360 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0421  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  26.96 
 
 
361 aa  122  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.553546  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0443  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  26.6 
 
 
360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3816  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  26.01 
 
 
360 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.57 
 
 
311 aa  69.3  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.56 
 
 
316 aa  66.6  0.0000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.89 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.97 
 
 
323 aa  63.9  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.97 
 
 
323 aa  63.9  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4013  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
199 aa  62.8  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  23.69 
 
 
292 aa  61.6  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.67 
 
 
294 aa  60.5  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  23.34 
 
 
292 aa  58.9  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  23.32 
 
 
296 aa  58.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  24.91 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
294 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
294 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  24.91 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  24.91 
 
 
296 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  24.07 
 
 
296 aa  57.4  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.99 
 
 
337 aa  57  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
296 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
296 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
296 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
296 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3274  putative ABC transporter, periplasmic-binding protein y4mI-like protein  22.55 
 
 
329 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.501296  normal  0.467676 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  24.91 
 
 
296 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.93 
 
 
337 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.08 
 
 
330 aa  53.5  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  22.34 
 
 
292 aa  53.1  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  21.91 
 
 
322 aa  52.8  0.000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.91 
 
 
324 aa  52.8  0.000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  24.91 
 
 
312 aa  52.4  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.66 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  22.37 
 
 
338 aa  51.2  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  23.25 
 
 
296 aa  50.8  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4188  regulatory protein, LacI  25.09 
 
 
332 aa  50.1  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  23.59 
 
 
319 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  23.13 
 
 
295 aa  50.1  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  23.13 
 
 
295 aa  49.7  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  22.69 
 
 
294 aa  48.9  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.11 
 
 
322 aa  48.9  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4012  hypothetical protein  40 
 
 
109 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0222  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.78 
 
 
324 aa  48.5  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  23.16 
 
 
296 aa  47.4  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  22.18 
 
 
299 aa  47  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.75 
 
 
312 aa  47  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  22.05 
 
 
295 aa  46.2  0.0008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1480  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
312 aa  45.4  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3126  monosaccharide-transporting ATPase  21.53 
 
 
310 aa  45.8  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.81 
 
 
320 aa  45.8  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.23 
 
 
341 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.23 
 
 
341 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.23 
 
 
341 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.23 
 
 
341 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.23 
 
 
341 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.82 
 
 
320 aa  44.7  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.16 
 
 
333 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>