222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3254 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3254  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 
356 aa  717    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00636832  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2440  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  73.35 
 
 
353 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0125  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  61.27 
 
 
356 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2211  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  49.1 
 
 
379 aa  326  3e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0668352  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3243  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.56 
 
 
356 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2050  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.27 
 
 
357 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3890  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  38.6 
 
 
360 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0443  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  38.01 
 
 
360 aa  212  7e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3816  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.93 
 
 
360 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1827  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.21 
 
 
356 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1991  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.65 
 
 
357 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000318  periplasmic protein TorT precursor  36.45 
 
 
334 aa  203  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.393901  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0649  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.55 
 
 
330 aa  202  7e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2648  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.12 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.058876  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2132  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.6 
 
 
331 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2601  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.12 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.429826 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1105  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.12 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00997  periplasmic sensory protein associated with the TorRS two-component regulatory system  37.12 
 
 
342 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01004  hypothetical protein  37.12 
 
 
342 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1231  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.12 
 
 
342 aa  200  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2129  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.12 
 
 
342 aa  197  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1112  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.46 
 
 
342 aa  195  9e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00670153  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3346  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.79 
 
 
354 aa  193  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0979105  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.06 
 
 
363 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4108  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.78 
 
 
346 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4036  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.78 
 
 
346 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4157  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.78 
 
 
346 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4215  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.78 
 
 
346 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2802  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.64 
 
 
387 aa  186  7e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00470067 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3533  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.88 
 
 
352 aa  186  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.292009 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1151  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.18 
 
 
359 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.451598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4053  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.45 
 
 
346 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0421  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.45 
 
 
361 aa  183  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.553546  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.37 
 
 
363 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3355  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.06 
 
 
364 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3366  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.33 
 
 
375 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1229  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.47 
 
 
359 aa  177  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1113  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.13 
 
 
355 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1052  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.02 
 
 
355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.61821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1048  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.13 
 
 
355 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2281  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.29 
 
 
321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06120  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.23 
 
 
283 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0984  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.99 
 
 
345 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4013  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.8 
 
 
199 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  25.94 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  24.24 
 
 
294 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  25 
 
 
292 aa  73.2  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4012  hypothetical protein  46.25 
 
 
109 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.6 
 
 
294 aa  69.7  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  24.24 
 
 
292 aa  68.9  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  25.96 
 
 
329 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.91 
 
 
329 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00856305  normal  0.0288368 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1366  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
329 aa  65.1  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.450849  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  23.88 
 
 
292 aa  64.3  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  23.78 
 
 
315 aa  63.2  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0691  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.12 
 
 
335 aa  63.2  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0990716 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.59 
 
 
350 aa  62.8  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.77 
 
 
351 aa  62  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.11 
 
 
321 aa  62.4  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.47 
 
 
311 aa  61.6  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3407  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  29.63 
 
 
315 aa  60.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.68481  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.53 
 
 
343 aa  60.1  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.98 
 
 
320 aa  60.1  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3705  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.44 
 
 
320 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.61 
 
 
295 aa  58.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.994176 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3705  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  28.7 
 
 
315 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838921  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  23.91 
 
 
323 aa  57.8  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  22.69 
 
 
296 aa  57  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.88 
 
 
315 aa  57  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3408  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  27.8 
 
 
320 aa  57  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.75 
 
 
313 aa  56.2  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.22 
 
 
310 aa  56.2  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  22.31 
 
 
296 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  22.55 
 
 
307 aa  55.8  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  22.31 
 
 
296 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  21.83 
 
 
319 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  22.31 
 
 
296 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.51 
 
 
316 aa  55.8  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  21.24 
 
 
295 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  22.31 
 
 
296 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  22.31 
 
 
296 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  22.31 
 
 
294 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  22.31 
 
 
294 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  21.24 
 
 
295 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  22.31 
 
 
296 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  21.92 
 
 
296 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  21.92 
 
 
296 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  21.92 
 
 
296 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  21.92 
 
 
296 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.78 
 
 
312 aa  53.9  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3448  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.84 
 
 
326 aa  53.9  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  21.24 
 
 
296 aa  53.5  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.57 
 
 
328 aa  53.5  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  22.99 
 
 
307 aa  53.5  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  21.76 
 
 
295 aa  53.1  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0544  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  27.09 
 
 
320 aa  53.1  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0546563  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  21.92 
 
 
296 aa  52.8  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.86 
 
 
348 aa  52.8  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.92 
 
 
337 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  24.1 
 
 
338 aa  52.8  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>