48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1048 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1052  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  95.49 
 
 		 355 aa  664    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.61821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1048  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 		 355 aa  723    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1113  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  97.46 
 
 		 355 aa  701    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1229  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  86.48 
 
 		 359 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  80.85 
 
 		 363 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  80 
 
 		 363 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3355  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  79.17 
 
 		 364 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1151  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  80 
 
 		 359 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.451598 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2802  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  62.39 
 
 		 387 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470067 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3533  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  60.58 
 
 		 352 aa  418  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.292009 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3366  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  60.87 
 
 		 375 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3346  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  58.09 
 
 		 354 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0979105  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1991  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  55.91 
 
 		 357 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0984  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  55.75 
 
 		 345 aa  360  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2132  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  38.02 
 
 		 331 aa  206  7e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0649  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.72 
 
 		 330 aa  192  9e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000318  periplasmic protein TorT precursor  36.27 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.393901  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3243  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.55 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0125  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.94 
 
 		 356 aa  182  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2440  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.33 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1827  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.65 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1105  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.89 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2601  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.89 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.429826 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2648  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.89 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.058876  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01004  hypothetical protein  33.89 
 
 		 342 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00997  periplasmic sensory protein associated with the TorRS two-component regulatory system  33.89 
 
 		 342 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1231  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.56 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2050  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.67 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285756  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2129  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.22 
 
 		 342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1112  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.56 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00670153  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3254  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.13 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00636832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06120  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.21 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4108  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.55 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4157  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.55 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4053  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.22 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4036  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.22 
 
 		 346 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4215  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.22 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2281  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3816  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.25 
 
 		 360 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0443  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.41 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3890  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.01 
 
 		 360 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2211  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  25.57 
 
 		 379 aa  122  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0668352  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0421  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  27.91 
 
 		 361 aa  113  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.553546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4012  hypothetical protein  45.65 
 
 		 109 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.76 
 
 		 330 aa  49.7  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5339  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  26.96 
 
 		 329 aa  43.5  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.71 
 
 		 312 aa  43.5  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.15 
 
 		 312 aa  42.7  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>