122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2648 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00997  periplasmic sensory protein associated with the TorRS two-component regulatory system  99.71 
 
 
342 aa  702    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2648  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 
342 aa  703    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.058876  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01004  hypothetical protein  99.71 
 
 
342 aa  702    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1105  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 
342 aa  703    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1112  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  98.25 
 
 
342 aa  691    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00670153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2601  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 
342 aa  703    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.429826 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2129  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  98.17 
 
 
342 aa  644    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1231  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  99.12 
 
 
342 aa  698    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4108  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  66.47 
 
 
346 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4157  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  66.47 
 
 
346 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4036  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  66.76 
 
 
346 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4053  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  66.18 
 
 
346 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4215  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  66.76 
 
 
346 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0649  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  45.18 
 
 
330 aa  243  3e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000318  periplasmic protein TorT precursor  43.57 
 
 
334 aa  238  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.393901  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1827  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.13 
 
 
356 aa  238  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2132  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  41.16 
 
 
331 aa  225  8e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3254  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.89 
 
 
356 aa  218  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00636832  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2440  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.31 
 
 
353 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3346  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.54 
 
 
354 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0979105  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0125  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.27 
 
 
356 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3243  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.2 
 
 
356 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2802  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.14 
 
 
387 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00470067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.63 
 
 
363 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3355  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.63 
 
 
364 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2050  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.27 
 
 
357 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285756  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06120  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  41.22 
 
 
283 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.63 
 
 
363 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3533  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.87 
 
 
352 aa  193  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.292009 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1151  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36 
 
 
359 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.451598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1991  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.11 
 
 
357 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1048  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.78 
 
 
355 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3366  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.13 
 
 
375 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1113  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.45 
 
 
355 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1052  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.45 
 
 
355 aa  186  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.61821 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1229  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.78 
 
 
359 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0984  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.72 
 
 
345 aa  178  9e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2281  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.68 
 
 
321 aa  172  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2211  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.78 
 
 
379 aa  166  5.9999999999999996e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0668352  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0421  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.67 
 
 
361 aa  143  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.553546  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3890  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.41 
 
 
360 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3816  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.12 
 
 
360 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0443  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  29.12 
 
 
360 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.4 
 
 
316 aa  81.3  0.00000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.37 
 
 
311 aa  68.9  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.74 
 
 
321 aa  67  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  22.96 
 
 
292 aa  60.8  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.97 
 
 
322 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1480  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.82 
 
 
312 aa  60.1  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4012  hypothetical protein  36.96 
 
 
109 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.17 
 
 
320 aa  57.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  24.03 
 
 
292 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.35 
 
 
294 aa  57  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.85 
 
 
318 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0867  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.43 
 
 
330 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000788488 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  22.56 
 
 
306 aa  54.7  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.81 
 
 
311 aa  54.3  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  26.52 
 
 
312 aa  53.9  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  23.53 
 
 
295 aa  53.9  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4013  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.95 
 
 
199 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  23.32 
 
 
319 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1462  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.17 
 
 
322 aa  53.5  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.257071 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.02 
 
 
323 aa  52.8  0.000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.02 
 
 
323 aa  52.8  0.000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  20.44 
 
 
301 aa  52.8  0.000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  24.43 
 
 
296 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  24.62 
 
 
296 aa  52  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  24.43 
 
 
294 aa  52  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  24.43 
 
 
294 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  24.43 
 
 
296 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  24.43 
 
 
296 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  24.43 
 
 
296 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  24.81 
 
 
296 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  24.81 
 
 
296 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  24.81 
 
 
296 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  24.81 
 
 
296 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  24.43 
 
 
296 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  22.99 
 
 
308 aa  52  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  24.43 
 
 
296 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.72 
 
 
326 aa  50.8  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  21.94 
 
 
296 aa  50.8  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  24.81 
 
 
296 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.52 
 
 
322 aa  49.7  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0776  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.24 
 
 
314 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  20.54 
 
 
294 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
337 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.46 
 
 
333 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  20.42 
 
 
322 aa  48.1  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0996  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  22.81 
 
 
355 aa  48.5  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  21.62 
 
 
292 aa  47.4  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0938  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  22.81 
 
 
329 aa  47.8  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  22.61 
 
 
337 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.32 
 
 
308 aa  47.8  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3274  putative ABC transporter, periplasmic-binding protein y4mI-like protein  24.23 
 
 
329 aa  47.4  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.501296  normal  0.467676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.71 
 
 
338 aa  47.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  26.71 
 
 
338 aa  47.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.35 
 
 
337 aa  47.4  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.59 
 
 
301 aa  46.6  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  22.47 
 
 
307 aa  46.6  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3071  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
309 aa  46.6  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.636476  normal  0.77485 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>