48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2281 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2281  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 		 321 aa  647    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3243  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.99 
 
 		 356 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0649  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.53 
 
 		 330 aa  186  5e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000318  periplasmic protein TorT precursor  34.03 
 
 		 334 aa  176  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.393901  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2132  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.43 
 
 		 331 aa  174  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1827  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.84 
 
 		 356 aa  172  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3346  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.88 
 
 		 354 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0979105  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2440  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.06 
 
 		 353 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3254  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.29 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00636832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2050  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.24 
 
 		 357 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285756  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36 
 
 		 363 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3355  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.09 
 
 		 364 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1151  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.43 
 
 		 359 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.451598 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.53 
 
 		 363 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2129  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.07 
 
 		 342 aa  162  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1231  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.68 
 
 		 342 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2648  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.68 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.058876  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1105  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.68 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2601  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.68 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.429826 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01004  hypothetical protein  36.68 
 
 		 342 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00997  periplasmic sensory protein associated with the TorRS two-component regulatory system  36.68 
 
 		 342 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0125  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.94 
 
 		 356 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1229  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.33 
 
 		 359 aa  159  5e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1112  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.29 
 
 		 342 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00670153  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3366  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1052  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.33 
 
 		 355 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.61821 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2211  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.37 
 
 		 379 aa  152  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0668352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1113  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33 
 
 		 355 aa  152  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3533  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.89 
 
 		 352 aa  152  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.292009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1048  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33 
 
 		 355 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1991  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.22 
 
 		 357 aa  150  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4108  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.83 
 
 		 346 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4157  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.83 
 
 		 346 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4053  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.46 
 
 		 346 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4036  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.46 
 
 		 346 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2802  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.29 
 
 		 387 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470067 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4215  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  34.08 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0984  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  33.11 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06120  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  32.62 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3890  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.43 
 
 		 360 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0443  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.68 
 
 		 360 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3816  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  30.43 
 
 		 360 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0421  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  26.64 
 
 		 361 aa  96.3  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.553546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4012  hypothetical protein  49.02 
 
 		 109 aa  53.1  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6155  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  28.23 
 
 		 317 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424251 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1462  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.29 
 
 		 322 aa  48.5  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.257071 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.52 
 
 		 323 aa  42.7  0.009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.52 
 
 		 323 aa  42.7  0.009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>