61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0649 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0649  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  100 
 
 		 330 aa  677    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000318  periplasmic protein TorT precursor  61.4 
 
 		 334 aa  428  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.393901  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2132  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  57.14 
 
 		 331 aa  374  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06120  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  62.19 
 
 		 283 aa  373  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1827  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.2 
 
 		 356 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2129  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  45.1 
 
 		 342 aa  231  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2648  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  44.81 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.058876  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2601  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  44.81 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.429826 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1105  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  44.81 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00997  periplasmic sensory protein associated with the TorRS two-component regulatory system  44.81 
 
 		 342 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01004  hypothetical protein  44.81 
 
 		 342 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1112  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  44.81 
 
 		 342 aa  229  7e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00670153  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1231  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  44.82 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3346  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.17 
 
 		 354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0979105  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3243  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.02 
 
 		 356 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4215  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  40.07 
 
 		 346 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4108  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.74 
 
 		 346 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4036  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  40.07 
 
 		 346 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4157  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.74 
 
 		 346 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0125  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.08 
 
 		 356 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2440  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36 
 
 		 353 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.725548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4053  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.74 
 
 		 346 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3533  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.42 
 
 		 352 aa  209  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.292009 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3254  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.19 
 
 		 356 aa  207  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00636832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2802  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.88 
 
 		 387 aa  207  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470067 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3366  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.65 
 
 		 375 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1991  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.88 
 
 		 357 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.69 
 
 		 363 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3216  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.69 
 
 		 363 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1151  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.69 
 
 		 359 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.451598 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3355  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.38 
 
 		 364 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1048  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.69 
 
 		 355 aa  192  8e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.785467 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1113  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.69 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1052  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  36.77 
 
 		 355 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.61821 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2050  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.21 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285756  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2281  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  39.41 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1229  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  35.74 
 
 		 359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0984  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  37.92 
 
 		 345 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2211  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  31.15 
 
 		 379 aa  153  4e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0668352  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0421  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  25.43 
 
 		 361 aa  88.2  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.553546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3816  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  24.5 
 
 		 360 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0443  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  24.5 
 
 		 360 aa  86.7  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3890  TMAO reductase system periplasmic protein TorT  24.25 
 
 		 360 aa  86.3  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.11 
 
 		 294 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4012  hypothetical protein  44.44 
 
 		 109 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  26.03 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  26.03 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  26.03 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  26.03 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  26.03 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  26.03 
 
 		 294 aa  47  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  26.03 
 
 		 294 aa  47  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  23.11 
 
 		 296 aa  46.6  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  25.11 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  25.11 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  25.11 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  25.11 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  26.03 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  25.11 
 
 		 296 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  23.26 
 
 		 292 aa  43.9  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  29.06 
 
 		 340 aa  43.1  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>