167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_R0041 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  137  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  95.06 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  93.67 
 
 		 85 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  89.33 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4050  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00460724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4275  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0053  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0148757  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0015  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.629999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0043  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431799  normal  0.0378351 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0002  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.180392  normal  0.0634125 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0082  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212211  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  83.56 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0796  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>