100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0048 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  103  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  92.65 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 84 bp  87.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0035  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.243975  normal  0.0115468 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0015  tRNA-Leu  87.27 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.629999  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2245  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000124407  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0053  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0148757  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4050  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00460724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4275  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000121039  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0014  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0017  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  86 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  86 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  86 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.988938  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0043  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431799  normal  0.0378351 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0063  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  82.56 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>