122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_R0014 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0091  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.352148  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0082  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212211  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0029  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0582952  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0035  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0116121 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0055  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.472403  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0050  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.822506 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0042  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.535149 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0052  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0582  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.604071  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309259  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4321  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  85 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0031  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.926824 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0025  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00953223  normal  0.256823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  85 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0539  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.1762e-32 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5685  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0253862  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139489  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.285186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0731155  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000183517  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0102  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4763  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000114047  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0052  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0552  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0183595  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0088  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000578274  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5720  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0092  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257309  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0049  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0614  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114881  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t25  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532363  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t55  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.304327  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  86 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0040  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000876767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0067  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  86 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  84.48 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0012  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  86 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>