26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_t25 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_t25  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0091  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0087  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0256242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA61  tRNA-Gly  98.59 
 
 		 74 bp  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0056  tRNA-Gly  95.77 
 
 		 71 bp  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.869004  normal  0.328325 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1569  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1604  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.841854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0012  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t55  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.304327  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6029  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.065223  normal  0.116693 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0199  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0066  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000867267  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0055  tRNA-Gly  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>