163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0022 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 82 bp  79.8  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  87.65 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0022  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 81 bp  71.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0054  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628501  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0015  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0181398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0054  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0050  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0076  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000528748  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0057  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0744744  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0039  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0044  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000291154  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.0000012405  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0445  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0460739  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0028  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0031  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000305297  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0019  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000126286  hitchhiker  0.0000000180291 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0004  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00103905  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0559  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2172  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.204006  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0044  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0025  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.333902  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.148891  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0039  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0019  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.531024  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0040  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000586892  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0086  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000208986  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.191845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  90 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>