208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0026 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  93.9 
 
 		 82 bp  123  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  92.65 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  91.07 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0002  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.180392  normal  0.0634125 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0067  tRNA-Leu  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50283  hitchhiker  0.00109765 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0796  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0017  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 92 bp  54  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0014  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.274126 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0037  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254346  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0032  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.571697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>