134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0036 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  85.39 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0049  tRNA-Leu  85.23 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0011  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.63877 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  87.1 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0067  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50283  hitchhiker  0.00109765 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  84.27 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t58  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334218  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0051  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.815889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0037  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000268992  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0072  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828257  normal  0.1525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0048  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0043  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.025828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0796  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043248  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0020  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0063  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  83.15 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0043  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431799  normal  0.0378351 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0027  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000316581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  84.09 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  84.09 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0002  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  84.09 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt50  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.916446 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0001  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.761083  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0029  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0125936  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0029  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49401  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  81.61 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309198  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.439755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07695  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0022  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0600671  normal  0.0213265 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  81.61 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>