96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0006 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0055  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.472403  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0042  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  111  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.535149 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0050  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.822506 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0052  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4578  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.840462  normal  0.934802 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.65356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.562399  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0696891  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  84.72 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.154328 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.264457  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0035  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.243975  normal  0.0115468 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0643  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.149876  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0025  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0001623  hitchhiker  0.000378957 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0823  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0539  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.1762e-32 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4763  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000114047  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5720  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0614  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114881  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0092  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257309  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0047  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5685  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0253862  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139489  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.285186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0731155  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0023  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0037  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000183517  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0796  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043248  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0088  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000578274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0049  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0048  tRNA-Leu  81.71 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>