119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_R0023 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  91.78 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0055  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.472403  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna084  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03630  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  88 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0011  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.63877 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2245  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000124407  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t14  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0050  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.822506 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000206459  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0115264  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  82.28 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0033  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44508 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  82.67 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  84.75 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>