68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04001 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  94.05 
 
 		 91 bp  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  94.05 
 
 		 91 bp  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  87.84 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000206459  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0115264  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t14  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0044  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000167859  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0022  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0600671  normal  0.0213265 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0017  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000127557  hitchhiker  0.00355692 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0125936  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0048  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0010  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000723961  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0067  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50283  hitchhiker  0.00109765 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>