55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_R0041 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 92 bp  143  8e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 92 bp  143  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  94.57 
 
 		 92 bp  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2624  hypothetical protein  93.33 
 
 		 702 bp  79.8  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.0379727 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0048  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_002950  PGt14  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.211002 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0037  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0044  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000167859  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 82 bp  44.1  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0014  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>