113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0031 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  103  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0118  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0026  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0032  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.571697 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t075  tRNA-Leu  89.53 
 
 		 87 bp  99.6  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000081141 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  87.65 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0041  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0047  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0033  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44508 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t14  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000206459  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0115264  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  81.61 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00568015  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_712  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0740718  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2245  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000124407  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0025  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>