103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0021 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  89.04 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0031  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0015  tRNA-Leu  87.27 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.629999  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0030  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.931427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2245  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000124407  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0041  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.968871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0037  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0027  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.654797  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0005  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4275  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4050  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00460724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0053  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0148757  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R29  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0060  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000227715  normal  0.912821 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  84.75 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03620  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0256458  normal  0.0430862 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0040  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000876767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0433  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0041  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0019  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.65356  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>