54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0023 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  97.47 
 
 		 85 bp  141  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  83.56 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  83.56 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_712  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0740718  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00568015  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2245  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000124407  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.201383  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1729  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.716299  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1032  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.56958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>