86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0050 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  99.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  91.07 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  89.09 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0002  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_R0081  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0048  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0053  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0148757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4050  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00460724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  82.67 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4275  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000121039  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0049  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  84.48 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  84.48 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0047  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  84.48 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0063  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>