260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0022 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0028  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.387678  hitchhiker  0.00101312 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0032  tRNA-Leu  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00166696  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  95 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  88.33 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0408  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000432662  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309259  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0044  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000167859  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  85.94 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0020  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t29  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148867  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0019  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.800017  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0063  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt010  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0109013  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0057  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.428944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0066  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000463268  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0057  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.311538  normal  0.840982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>