299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0076 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  100 
 
 
78 bp  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  98.65 
 
 
76 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  97.3 
 
 
76 bp  131  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  97.22 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  95.77 
 
 
76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  93.24 
 
 
76 bp  107  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  93.24 
 
 
76 bp  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  93.24 
 
 
76 bp  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  96.77 
 
 
76 bp  107  4e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0006  tRNA-Phe  93.06 
 
 
76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0241224  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  93.06 
 
 
76 bp  103  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  93.94 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0055  tRNA-Phe  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.598604 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0067  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000000833232  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0005  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0043  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0005  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  93.75 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  96.43 
 
 
79 bp  95.6  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0028  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000645799  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  91.55 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>