89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0016 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0035  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.243975  normal  0.0115468 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0029  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.988938  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  85.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0055  tRNA-Leu  83.78 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.472403  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11040  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0032  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  85 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0008  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0018  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.167819  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309090  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0046  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0033  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0582  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.604071  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4578  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4321  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  85.48 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0031  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.926824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>