More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_t07705 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  95.31 
 
 		 85 bp  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1681  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.602925  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0038  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.03097 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  94.83 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2214  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  89.7  9e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.135486  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 82 bp  85.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0029  tRNA-Leu  93.22 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.988938  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 82 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0020  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0011  tRNA-Leu  92.73 
 
 		 84 bp  77.8  0.0000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00270882  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0048  tRNA-Leu  91.53 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0050  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2038  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000144559  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.210908  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1466  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1759  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0079  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254468  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000624241  hitchhiker  0.000000000488126 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0124  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00204049  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0021  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122421  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0033  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505134  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519454  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0034  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000179854  normal  0.115675 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0032  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000103773  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000195889  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0107  tRNA-Leu  92.16 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109808  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0764  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.509381  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2139  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0230095  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0625  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 86 bp  60  0.00000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00420103  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0069  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202771  hitchhiker  0.000000827914 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt22  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.355565 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596952  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0066  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>