97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0038 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  167  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0032  tRNA-Leu  97.56 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  95.24 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  95.24 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  95.24 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  97.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  95.24 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  95.24 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  97.37 
 
 
89 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  84.52 
 
 
87 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  94.59 
 
 
88 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0008  tRNA-Leu  91.11 
 
 
88 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  94.59 
 
 
88 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  91.11 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  94.59 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  91.11 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  94.59 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  83.33 
 
 
87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  83.33 
 
 
87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  90.91 
 
 
88 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0043  tRNA-Leu  90.7 
 
 
88 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  90.48 
 
 
85 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  91.89 
 
 
89 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0037  tRNA-Leu  84.06 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.53557  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0037  tRNA-Leu  84.06 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254346  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  91.89 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  91.89 
 
 
88 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  91.89 
 
 
89 bp  50.1  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4578  tRNA-Leu  90.24 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  91.89 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  91.89 
 
 
82 bp  50.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  84.06 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  91.89 
 
 
86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  91.89 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0018  tRNA-Leu  91.89 
 
 
86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.167819  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309090  tRNA-Leu  91.89 
 
 
86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0037  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  91.89 
 
 
86 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0035  tRNA-Leu  90.24 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.243975  normal  0.0115468 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0015  tRNA-Leu  85.29 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.418759  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2563  tRNA-Leu  87.5 
 
 
84 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  88.37 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0034  tRNA-Leu  96.3 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.245269  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0037  tRNA-Leu  96.3 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000248476 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0067  tRNA-Leu  91.43 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0031  tRNA-Leu  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  88.37 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0010  tRNA-Leu  83.1 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000185215  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  88.37 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  91.43 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0039  tRNA-Leu  96.3 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.304437  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0057  tRNA-Leu  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  88.1 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0032  tRNA-Leu  88.1 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  88.1 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  88.1 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  91.18 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  91.18 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0037  tRNA-Leu  88.1 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000169907 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.936664  normal  0.134818 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  88.1 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0026  tRNA-Leu  88.1 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.18 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  88.1 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  88.1 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0015  tRNA-Leu  96.15 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0008  tRNA-Leu  88.1 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1187  tRNA-Leu  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0582  tRNA-Leu  91.18 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.604071  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  96.15 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  88.1 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  88.1 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0054  tRNA-Leu  88.1 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0764192  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  88.1 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  88.1 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  88.1 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  91.18 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 
83 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.840462  normal  0.934802 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  88.1 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>