95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0037 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0035  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.243975  normal  0.0115468 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  87.1 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  87.1 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  87.1 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  84.72 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0029  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.988938  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0047  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0033  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0046  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0052  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0050  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.822506 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  83.87 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0031  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.926824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0055  tRNA-Leu  82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.472403  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0042  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.535149 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0037  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4321  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    82.43 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>