138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0058 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0020    100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0006  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.806028  normal  0.553629 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0055  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.472403  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0042  tRNA-Leu  93.59 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.535149 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0050  tRNA-Leu  91.03 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.822506 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4578  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0011  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0052  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0050  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.840462  normal  0.934802 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0024  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.154328 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0031  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0696891  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0019  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.562399  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0031  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.264457  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0067  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5685  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0253862  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139489  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.285186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0731155  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0037  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000183517  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0539  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.1762e-32 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4763  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000114047  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0184  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0010  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000185215  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0088  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000578274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0091  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.352148  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0092  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257309  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5720  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0614  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114881  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0032  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0019  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.65356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0029  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0582952  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0049  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0102  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0025  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0001623  hitchhiker  0.000378957 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0052  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2160  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000000935406  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0039  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0082  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212211  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0035  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0116121 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0032  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>