50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0074 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  90.36 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0016  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.718102  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  89.06 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0042  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.30317  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0037  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.948936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03630  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna084  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0104  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0102  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00398757  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0100  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00215722  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0097  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00291097  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  84.09 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0084  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.300943 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>