161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0022 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0032  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.571697 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0118  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0026  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t075  tRNA-Leu  91.86 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000081141 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  89.33 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  89.33 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0081  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6027  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0853509  normal  0.33546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0047  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138946  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2501  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3345  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0033  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44508 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3331  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0502824  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2346  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2388  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.519883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1247  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.872872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>