99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_R0016 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0118  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0026  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0032  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.571697 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t075  tRNA-Leu  95.35 
 
 
87 bp  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000081141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  93.1 
 
 
87 bp  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  90.8 
 
 
87 bp  109  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  90.8 
 
 
87 bp  109  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  90.8 
 
 
87 bp  109  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  88.51 
 
 
90 bp  93.7  6e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  95.74 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  90.62 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  85.54 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  97.14 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  97.06 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0071  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.199865 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t066  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000841762  hitchhiker  0.00000000876974 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t065  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000716736  hitchhiker  0.00000000861256 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0097  tRNA-Leu  85.71 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00291097  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0100  tRNA-Leu  85.71 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00215722  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0102  tRNA-Leu  85.71 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00398757  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0104  tRNA-Leu  85.71 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  92.68 
 
 
93 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  83.95 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  92.5 
 
 
89 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t071  tRNA-Leu  83.75 
 
 
87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000662467  normal  0.0211471 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  92.5 
 
 
89 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  92.31 
 
 
87 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  96.77 
 
 
84 bp  54  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  86.44 
 
 
87 bp  54  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  90.7 
 
 
85 bp  54  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  90.7 
 
 
85 bp  54  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  92.31 
 
 
87 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  90.24 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  90.24 
 
 
93 bp  50.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  90 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  90 
 
 
91 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  90 
 
 
92 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  91.67 
 
 
90 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  90 
 
 
92 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  90 
 
 
92 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  89.74 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  89.74 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna084  tRNA-Leu  89.74 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  84.75 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0066  tRNA-Leu  84.15 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000463268  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  89.74 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  89.74 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  88.37 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  93.55 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0057  tRNA-Leu  84.15 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.428944  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  89.74 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03630  tRNA-Leu  89.74 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  91.43 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0053  tRNA-Leu  84.15 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  89.74 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  88.1 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0038  tRNA-Leu  89.13 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  93.33 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  93.33 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  93.33 
 
 
84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>