114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_R0030 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  90.79 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0118  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0026  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0032  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.571697 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t075  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000081141 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna20  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236452  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0021  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0075  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.537115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0041  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0047  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.306057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0021  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  83.13 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0038  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  90 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  90 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  90 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0026  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802213  normal  0.744604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0066  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000463268  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0053  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0071  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.199865 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>