94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0015 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  95.51 
 
 		 93 bp  145  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0067  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50283  hitchhiker  0.00109765 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0018  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.864301 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0048  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0021  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000206459  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0016  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0115264  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0051  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t14  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0066  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000463268  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0071  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.199865 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6024  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.658515  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0057  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.428944  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t071  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000662467  normal  0.0211471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0053  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>