94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0025 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0015  tRNA-Leu  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0021  tRNA-Leu  94.23 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0041  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0015  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0025  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.680861  decreased coverage  0.000577389 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04001  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000386269  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0048  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0043  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0222956  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0079  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0051  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00133482  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0031  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.372245 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0067  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50283  hitchhiker  0.00109765 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0044  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0708961  normal  0.218252 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6024  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.658515  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0786  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07695  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0001  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.761083  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309198  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.439755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00479422  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0019  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000107083  hitchhiker  3.09031e-20 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1178  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100662  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2681  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000136258  normal  0.046213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2157  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00076268  hitchhiker  0.000000000132078 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00029  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000361603  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0049  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000237414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4669  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.9786200000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5037  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000374172  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0086  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.115514  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0051  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000584609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1274  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000352128  hitchhiker  0.000541618 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0980  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000163209  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  44.1  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2105  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000470601  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0170  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000159829  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2098  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>