155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2476 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  176  6e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  176  6e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  176  6e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  176  6e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  97.75 
 
 
89 bp  161  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  97.75 
 
 
89 bp  161  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  97.75 
 
 
89 bp  161  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  97.75 
 
 
89 bp  161  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96.25 
 
 
85 bp  127  5e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.25 
 
 
85 bp  127  5e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  92.13 
 
 
89 bp  121  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  91.01 
 
 
89 bp  113  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.36 
 
 
89 bp  101  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000637838  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.36 
 
 
89 bp  101  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  90.36 
 
 
89 bp  101  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  90.36 
 
 
89 bp  101  3e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  89.16 
 
 
89 bp  93.7  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0057  tRNA-Leu  89.16 
 
 
89 bp  93.7  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.583439  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0011  tRNA-Leu  89.16 
 
 
89 bp  93.7  7e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  88.75 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  88.75 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  97.83 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  97.83 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  81.8  0.00000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0022  tRNA-Leu  89.04 
 
 
86 bp  81.8  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621595  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  89.04 
 
 
86 bp  81.8  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  86.52 
 
 
89 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0026  tRNA-Leu  97.73 
 
 
90 bp  79.8  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  88.89 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  88.89 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5693  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000772735  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5727  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000902982  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  97.5 
 
 
92 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00102421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  97.5 
 
 
92 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000281686  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  97.5 
 
 
92 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.556513  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  97.5 
 
 
92 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  97.5 
 
 
92 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000595442  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  97.5 
 
 
92 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000721047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  97.5 
 
 
92 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000205761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0100  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00161932  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4998  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000754212  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000609501  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  95.45 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0217  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000698181  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0008  tRNA-Leu  95.45 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  95.45 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0031  tRNA-Leu  97.5 
 
 
86 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0058  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000059003  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0023  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0106967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0099  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000225744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0134  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5029  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000533026  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4572  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000682737  normal  0.11126 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0859  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0784  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.40314e-31 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0023  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0238053  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0103  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000553911  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0138  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00946878  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5814  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000499245  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5731  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000102685  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5638  tRNA-Leu  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.114187  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  97.37 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  95.24 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0027  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0171  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.661922  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0051  tRNA-Leu  85.39 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  95.24 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  97.37 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  97.37 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0069  tRNA-Leu  97.37 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00338367  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  95.24 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  97.37 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  86.52 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1224  tRNA-Leu  95 
 
 
84 bp  63.9  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0795794  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0044  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000167859  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0005  tRNA-Leu  94.87 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.202243  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  92.86 
 
 
89 bp  60  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  85.39 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  94.44 
 
 
89 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  94.44 
 
 
89 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0786  tRNA-Leu  90.91 
 
 
89 bp  56  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  94.44 
 
 
92 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.77 
 
 
83 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  54  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0194544  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0610  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  54  0.000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  92.31 
 
 
89 bp  54  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  94.29 
 
 
87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0008  tRNA-Leu  92.86 
 
 
88 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0020  tRNA-Leu  90.48 
 
 
89 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t29  tRNA-Leu  90.48 
 
 
86 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148867  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0008  tRNA-Leu  90.48 
 
 
88 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.191845  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0527771  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 
89 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.800017  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0034  tRNA-Leu  92.11 
 
 
87 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00470609  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  90.48 
 
 
84 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0010  tRNA-Leu  90.24 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000185215  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0009  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>