158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_R0098 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.199865 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t071  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000662467  normal  0.0211471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t065  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000716736  hitchhiker  0.00000000861256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t066  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000841762  hitchhiker  0.00000000876974 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0057  tRNA-Leu  95.4 
 
 
86 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.428944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0066  tRNA-Leu  95.4 
 
 
86 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000463268  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0053  tRNA-Leu  95.4 
 
 
86 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0104  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0102  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00398757  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0100  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00215722  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0097  tRNA-Leu  93.1 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00291097  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  90.8 
 
 
87 bp  109  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  88.51 
 
 
87 bp  93.7  6e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  88.51 
 
 
87 bp  93.7  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  88.51 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  88.51 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  88.51 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0068  tRNA-Leu  97.87 
 
 
86 bp  85.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0085  tRNA-Leu  97.87 
 
 
86 bp  85.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.196786  normal  0.612491 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  97.83 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0086  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  79.8  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.115514  normal  0.84209 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00029  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000361603  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2681  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000136258  normal  0.046213 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1274  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000352128  hitchhiker  0.000541618 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1178  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100662  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0980  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000163209  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000584609  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2105  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000470601  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000237414  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0866765  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2098  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2157  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00076268  hitchhiker  0.000000000132078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4669  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.9786200000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5037  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000374172  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  95.65 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  95.65 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  95.65 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  95.65 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  95.65 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  95.65 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  95.65 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t075  tRNA-Leu  86.42 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000081141 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0032  tRNA-Leu  86.42 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.571697 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0118  tRNA-Leu  86.42 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0026  tRNA-Leu  86.42 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  97.5 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  97.5 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  97.5 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  97.5 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  97.5 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  93.48 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  93.48 
 
 
89 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  93.48 
 
 
89 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>