125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R48 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0043  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431799  normal  0.0378351 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0041  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0039  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.73025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0046  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.644736  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt34  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt34  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0079  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.237703 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0066  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0072  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0069  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0390997  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2351  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2934  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1003  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1010  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1665  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0016  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0072  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0072  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0047  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  85.53 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0021  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.148955  normal  0.272437 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0008  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  84.27 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  87.1 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0026  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0009  tRNA-Leu  86.84 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  88.33 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0043  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0036  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.773561  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0031  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.314623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0045  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0039  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02662  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0047  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  82.95 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0048  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  82.89 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1946  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>